Если я не путаю, был какой-то закон что документы позволяющие находиться в Португалии до конца 2023 года. Относится ли такое к ВНЖ ЕС?

С ВНЖ вы можете подать документы на визу в той стране, где у вас этот ВНЖ (если он еще действует). Если у вас нет в паспорте никаких отметок о том, что вы пробыли в Португалии более 90 дней, то вам не о чем беспокоиться — вряд ли в посольстве или SEF это кто-то заметит. При подаче на визу тоже не сообщайте, что вы какое-то время уже прожили в Португалии. Не усложняйте себе процесс.