Подскажите пожалуйста есть ли смысл покупать JRpass если будут такие передвижения или же покупать отдельно каждую поездку на поезд маршрут такой: 1.

Воспользуйтесь калькулятором Jr pass и сами все увидите.

Если вы планируете активно путешествовать не менее 7 дней - советую купить.

Если это на две недели - нет смысла, не окупится. На одну - надо считать по каждому отрезку. Цена указывается и в гугл картах при построении маршрута, и в популярных сервисах - navitime, hyperdia. В джр пасс входит narita express, это один из поездов, которые ходят от Нариты до Токио.

Я бы взяла. По маршруту Токио-Киото-Токио уже на 80% отбивается JR (пока что). Проезд на Нарита экспресс покрывается. И Яманоте в Токио покрывается.