Подскажите компанию которая поможет с Японской визой? В питере. Или люди которые помогут правильно все заполнить.

Неотур.

+ за Неотур. Сейчас по Токио болтаюсь.

Да не думаю, что вам компания понадобится, там всё предельно просто. И в случае чего можно спросить у работников консульства.