Подскажите если заехать по загранпаспорту, прожить 90 дней, выехать без нарушения, и через день заехать по внутреннему паспорту - будет ли еще 90 дней?

Пробовать можете конечно, но на границе тоже все понимают. Вас не просили в камеру посмотреть? Разве в паспортах нет отметки о других паспортах? Даже если один пограничник просмотрит и запустит, то не гарантии, что при выезде другой не обнаружит этого. Человек то один и правило 90/180 для человека, а не паспорта.

Там же фиксируется. У меня погран спрашивал почему в первый раз заехала по рф паспорту а во второй через загран.