По какому паспорту лучше вылетать из Израиля в Россию, по русскому или израильскому, если я прилетела по русскому и получила израильский?

Вам нужно выезжать по израильскому, а в Россию въезжать по российскому. И так с любым гражданством.

Гражданин Израиля должен проходить границу по израильскому документу туда и обратно. В России так же по российскому. Билет по любому.