На автовокзалах Киргизии есть камеры хранения? Нужно будет чемоданчик на несколько часов оставить - между выселением из гостиницы и ночным авиарейсом.

Нету.

В похожей ситуации оказался в декабре, оставлял чемодан на ЖД вокзале. Около 100 сом взяли за день.

А спросите в гостинице, во многих дают в подобной ситуации чемодан оставить.

Чемодан всегда можно оставить на ресепшен до выезда.