Планирую получить "Белый паспорт" в Москве и с ним поехать на автобусе в Молдову, пропустит ли меня Латвия таможня? Нужно ли делать транзитную визу? Можно ли её ставить в белый паспорт?

Латвия, пропустит, Россия выпустит. Свидетельство на возвращение на родину используется и в том случае, если нет прямого сообщения между странами и на транзите соотвествующие страны признают этот документ. Виза туда никакая не ставиться. Вообще при получении свидетельства вам сотрудник консульства Молдавии должен объяснить особенности пользования данным документом.