Подскажите, пожалуйста. Если ехать из России в Ригу на автобусе, а из Риги на самолете в Германию (конечная остановка) то пропускают в Латвию с визой по лечению?

На визе написано "по лечению"? Если виза С, то такого исключения "на лечение" нет.

Если у вас будет приглашение из клиники, и заболевание серьезное, возможно, ваш случай попадет в исключение : 3.5. лицами, въезд которых связан с гуманитарными соображениями;