Подскажите пожалуйста по поводу статуса NHR : если я получу ВНЖ как номад показав что я как ИП РФ оказываю удаленно транспортные услуги в РФ по патенту( ну или на УСН 6%), смогу ли я получить этот статус, и не платить налоги в Португалии?

Статус может получить любой налоговый резидент Португалии в первый год своего резидентства (если 5 лет до этого не был резидентом в ПТ) - неважно какие визы. Процентная ставка 0% - в очень строгих случаях, не во всех подряд, так просто не ответишь вам:) надо смотреть, что за доходы, как оформлены и пр.

ИП в РФ на УСН не попадает по СоИДН (если оно вообще еще работает) - поэтому надо платить в РФ и в ПТ 20% по NHR.