Подскажите, пожалуйста, если авиабилеты до Казахстана оформлены на российские паспорта, поставят ли на границе пометку в загран?

Паспорт рф просто предъявите на стойке регистрации, когда будете получать билеты, а загран паспорт на Российской и казахской границе для штампов.

Запросто.

Нет.