Мы летим на S7 только с ручной кладью(по 10 кг) до Стамбула, а там пересадка на Flex Flight. Подскажите, пжлст, не придётся ли доплачивать за багаж?

Врядли. Это AirMontenego будет перевозчиком скорей всего.

Пару месяцев назад летала флексфлайтом, ручную кладь не взвешивали)

Это эир монтенегро, у меня ручную кладь не взвешивали и у них багаж 23кг. Посмотрите в своём билете.