Подскажите пожалуйста, если у меня два гражданства РМ и РФ - Пускают ли в Россию в таком случае по паспорту РМ?

Вы нарушаете закон РФ, нельзя скрывать при въезде и выезде что у Вас есть паспорт РФ, большой штраф грозит.

Нет. Это незаконно.