Подскажите, если я въезжала в Казахстан по загранпаспорту, меня выпустят по паспорту РФ?

Да. У меня друг выехал из РФ по внутреннему паспорту а на КЗ КПП подал уже загран и прекрасно въехал. Обратно в той же последовательности выехал.