Я въезжала в Нидерланды по эстонскому Шенгену в феврале. Хочу въехать еще раз, но виза кончается 1 августа. Есть ли запрет на въезд за 3 месяца до окончания долгосрочной визы?

Нет. Въезжайте в любой день до окончания визы. Хоть в последний.

Виза действительна до последнего дня, надо выехать до окончания,(указанно действие с/ по).

Это когда подаете на визу, то паспорт должен быть действителен еще 3 месяца после окончания срока визы.