Подскажите пожалуйста, при подаче на гражданство Казахстана и отказе от гражданства РФ может ли быть отказ в гражданстве Казахстана если РФ не подтвердит выход из гражданства, отсрочка от армии по учёбе?

Вполне могут отказать в выходе из гражданства РФ по причине не закрытой воинской обязанности.

Не могут отказать в гражданстве, так как на момент подачи заявления о гражданстве вы прикладываете лишь нотариальное согласие об отказе, но это ещё не выход из гражданства РФ. Выход из гражданства РФ вы начнёте только после получения гражданства РК. Главное начать потом эту процедуру и не светить на территории РК паспорта РФ, так как могут лишить гражданства РК.