Подскажите, для пакета документов на внж в Португалии по статье 89.2 подойдет электронная справка о несудимости с Госуслуг или необходима справка с апостилем?

С апостилем, либо выданная посольством.

Только оригинал с мокрой печатью и заверенный апостилем либо посольством.

Поскольку пока делаешь справку на бумаге + апостиль + едешь в Португалию + время до подачи > 3 месяцев и справка уже просроченная будет, то не надо тратить время на апостиль и получение там справки, а надо сразу записаться в консульство РФ в Португалии и получать сразу тут.