Подскажите пропустят ли через границу Эстонии, если есть билет на самолёт Таллин - Стамбул - Тель-Авив? В паспорте имеется виза репатрианта и шенгенская виза.

Через Финляндию пропустят, если лететь из Хельсинки.

Пропустят.

В Эстонию транзитом не пропустят, из хельсинки.

Вся проблема в том что на текущий момент, даже с визой репатрианта в российском загране, вы пока только гражданин РФ, а никакой пока не гражданин Израиля. Скажу больше - даже при наличии у человека просто Таудеат зеута (грубо говоря - внутренней ИД-карты, являющиеся аналогом внутреннего российского паспорта) эстонские погранполицейские, даже согласившись что у человека есть уже гражданство Израиля, его не пропустят. Так как для международных поездок гражданину Израиля нужен или даркон или Туадеат маавар (в просторечии - лессе пассе, хотя это немного иное). У Вас такового документа нет поэтому эстонцы Вас не пропустят (так как Вы "потенциальный" израильтянин без необходимого проездного документа). Это обсуждал с консулом Натива по Северо-западу, поэтому считайте что вариант текущей Алии через Таллин был обсужден очень серьёзно и признан пока неприемлемым. Финны более миролюбивые: и Вас как россиянина пропустят через себя в Израиль как не шенгенскую страну (официально заявленная позиция).