Подскажите, на машине с латвийскими номерами если граждане России, то надо оставлять депозит. А как это происходит? Я наличными в кассу оплачиваю?

Я сам не пробовал, но мне кажется что платить надо безналично и точно уверен, что вернут тоже безналом, причем думаю, что скорее всего вернут не сразу.

Если вы наличными платите на таможне депозит, таможня увидит ваш платеж в системе только через 2-3 дня, всё это время вам придется провести там. Поэтому в теории платят через сайт ФНС России, там же есть калькулятор, как рассчитать депозит (зависит от марки машины, года выпуска, объема двигателя), через 3 дня можно ехать на границу. Но это в теории. Лучше заранее изучить сайт таможни или позвонить им для разъяснения.

И ещё имейте в виду, что все машины на иностранных номерах, которые в первый раз въезжают в Россию, российская таможня отправляет на рентген. Не на всех переходах есть рентген, тогда вас под конвоем отправляют на другой погран переход для прохождения рентгена. Это может занять очень много времени.