Купил айфон 13 про зарегистрированный на Кувейт, сбоку отсутствует маркировка CE, может ли значить, что телефон не подлинный?

СЕ - это вы про маркировку еврозоны? Она лишь указывает что аппарат сертифицирован для Европейского рынка. Её может и не быть. Подлинность проверяйте обычными способами, они не меняются.