Если гражданин РФ въехал въехал в Армению по внутреннюю паспорту и находится в ней больше полугода, то он перестает быть резидентом РФ или в России о его полугодовом отсутствии не будут знать, т.

Знать будут. Перестает. Только там есть тонкости: полгода или полгода в календарном году.

Пограничники что РФ, что РА будут знать о выезде, так что если у них запросят данные по той или иной причине, та же ФНС сможет получить все данные для определения вашего резиденства. Насколько это автоматизировано или когда станет полностью автоматизировано, мы гадать не станем.