Подскажите, пожалуйста, могут ли зачесть при поступлении на магистерскую программу кредиты из диплома о профессиональной переподготовке или сертификата с курсов повышения квалификации?

Для чего? Условия для подачи на учебные программы указаны на сайте универа. Иногда программы требуют конкретное количество баллов/часов по определенным предметам. Тут уж что конкретный вуз сочтет подходящим для доказательства. Выписка из вуза, курсов или еще что-то.

Обычно не засчитывают.