Чтобы отправить ОДДС в налоговую - как указать депозит, который сразу с минусом на счете отражается? Остаток денежных средств на счете на начало отчетного периода с минусом, что ли?

А зачем показывать депозит? Вы укажите на начало периода ( у вас открытие счета, значит -0 ) и на конец периода. И обороты покажите, сколько пришло на счёт и сколько ушло. Я так делаю.