Возвращаясь из европы в Армению я могу въехать по российскому паспорту?

Нет. Если вы про внутренний паспорт РФ.

Прилетел в Армению из Кении, попросили оба паспорта) сначала показал загран, попросили еще российский внутренний паспорт зачем-то. Но думаю связано с тем, что паспорт свежий и был получен в посольстве.