Кто знает, как можно подать заявку в общежитие австрии так, чтобы попасть с другом в одну комнату?

Договорится на месте.

Во многих заявках на сайтах общежитий есть графа - с кем бы вы хотели проживать (или что-то подобное в этом смысле, дословно не помню). Там можно и указать друга. Соотвественно он тоже пусть также подаёт заявку и указывает Вас. Ну или пишите им на почту простое письмо и там распишите об этом.