У меня два гражданства, армянское и российское. Армянское получил в начале ноября 2022. Жил там около 5 месяцев в течение последнего года.

В анкетах на визу и/или ВНЖ лучше честно указывайте оба гражданства, проблем с наличием гражданства РФ не должно быть. Разве что могут запросить справку об отсутствии судимостей из обеих стран (если она требуется по той статье, которую вы планируете использовать для легализации). Если будете открывать счет в португальском банке, то про российское гражданство и связь с Россией вообще не упоминайте. В остальном не вижу проблем.