Подскажите, при сдаче документов на внж сдается также загранпаспорт, или они делают его копию и отдают на руки?

Загран останется на руках ибо внж это карточка и ее не надо вклеивать в паспорт.

Паспорт остаётся у вас и если есть ещё действующая виза, то можно кататься в Россию.