Прошу подсказать. Если я пересек границу РФ по российскому паспорту а границу Казахстана по загран паспорту, является ли это нарушением закона РФ или Казахстана?

Не думаю. я всегда пересекаю границу РФ по одному паспорту, а въезжаю в другие страны по другому. еще ни разу никто ничего не спрашивал. не думаю что с внутренним / заграном РФ будут какие-то вопросы. Но это сугубо мои личные предположения.

Нет.