Для подачи документов нужно по заграннику же пересекать границу . Если я купила билет на поезд по внутреннему паспорту , мне нужно сдать и купить по загран ? Или просто подать загран на таможне.

Хороший вопрос, по идее предъявляемый документ должен соответствовать тому что указан в билете. Но может и проканать. А продадут ли билет по заграну? Если да, я бы поменял и не переживал.

Для миграционки все равно по какому документу Вы пересекаете границу.

Можете на таможне показать загран, а российский паспорт при посадке.