А имеет значение, если у нас будут загранпаспорта на 5лкт, не биометрические? Проблем в аэропорту Израиля не возникнет?

Не возникнет.

У меня ребенок прошел спокойно через автомат, кто-то не мог и шёл на стойку получать талон, но это максимально возможное неудобства которое может возникнуть из-за 5-го паспорта.