Я сейчас еду из Астаны в Алматы. Потом поеду в Бишкек. Тут есть промежуточная остановка, город Шу. По карте выглядит так, что Шу ближе к Бишкеку, чем Алматы. Имеет ли смысл там выходить, будет ли это быстрее?

Это если поездом , то оставливаются в Шу. А если на машине, то я знаю одну дорогу через Ату в Биш.

Вы на чем едете? Если на такси/автомобиле, маршрут немножко другой будет чем в навигаторе. Если на поезде то да.