Скажите пожалуйста, если партнер находится в Израиле как турист более 3х месяцев, будут ли трудности в дальнейшем оформлении ступро?

Если партнер нарушает закон, да, будут. Вы же дело не открыли?

Нарушение визового режима , МВД может потребовать залог насколько десятков тысяч шк , у знакомой такое было ( находилась в стране в без визы ) Ступро начинать только с адвокатом он может разрулить.