При подаче в посольство Германии на национальную визу, берут(забирают) с документами оригинал загран паспорта?

Естественно Вам же визу в загранпаспорт непосредственно "вклеивают" или есть какие-то другие пути?

При подаче, оригинал паспорта оставляют вам, когда придёт письмо о готовности визы, вы отдаёте им паспорт на несколько часов, после чего его возвращают уже с визой.

Нет, в посольстве документ не забирают На вклейку визы нужно будет принести паспорт отдельно после одобрения (на 1 день)

Смотря где У меня в Стамбуле забирали паспорт на вклейку после одобрения на неделю (а стандартный срок 2 недели)