А Jr pass тоже просят заранее оплатить перед подачей на визу Японии?

Приобретение Jr pass ваша личная инициатива, к получению визы никакого отношения не имеет. Если он вам нужен, покупайте тогда, когда вам будет удобно.

Вообще не обязательно, как вы там будете передвигаться, поэтому даже на месте можете купить, правда дороже будет.