Подскажите мы заехали в Казахстан, хозяин хотела нас отметил, как принимающая сторона... сколько мы теперь можем находится в Казахстане?

Вроде как достаточно, но если будет возможность, можете в остальных местах тоже отмечаться.

При смене адреса уведомление нужно будет давать только при личном присутствии хозяина квартиры.

Зачем 3 дня? это в первые 3 дня - отправлять уведомления. На какой период оплатили аренду, на тот срок и уведомление. 90 дней это как турист, смотря что вы на границе сказали: туризм, работа...