Можно ли сделать валидацию визы спустя три месяца после прибытия во Францию?

Ну при заполнении онлайн дата вашего заезда вроде бы никак не чекается.

Обычно, если не сделать валидация. Виза становится недействительной...... Вам лучше обратиться в Префектуру. Тип виз D много, и там большей информацией владеют, это точно.