Планируем перелет внутри Колумбии к Лас Лахас, а далее на автобусе в сторону Кито. Есть какие-то сложности с пешей границей и есть автобусы которые везут в Кито напрямую из Колумбии?

Вроде как сертификат прививки от жёлтой лихорадки могут спросить, это местная фича.

нет прямых автобусов из Колумбии в Эквадор. Нужно доехать или долететь до Пасто, потом до Ипиалеса, оттуда на такси до границы. После на эквадорской стороне опять взять такси до Тулькана. Ну и оттуда автобусом куда вам надо.