Скажите, для репатриации в Израиль справка форма 15 (об отсутствии записей о браке ) должна быть с 18 или 16 лет?

И так и так делают. Если есть выбор, то лучше делать с 16. Но к той, что с 18 тоже вопросов не было (хотя может быть у кого-то бывают).

Мы просили с 16 дать, но нам сказали не положено - только с 18.

Просто сделайте, потому что лучше пусть будет, чем не окажется. Все зависит от человека, рассматривающего ваши документы.