Подскажите, пожалуйста, если у меня билет Ереван - Мадрид с пересадкой в Варшаве(LOT airlines, 2ч) - штам о въезде в шенгенскую зону поставят в Варшаве?

Да.

В аэропорту Испании можно попросить чтобы поставили штамп о въезде. Даже не можно, а нужно) это облегчит вам дальнейшие действия в Испании, если хотите там легализоваться )

А может быть такое, что Поляки вас не пропустят? у них же к русским не очень отношение.

Если у вас российский паспорт, штамп вам никакой не светит. Потому что вас на этот рейс даже не посадят с шенгеном.