Я планирую поступать на магистратуру в Канадский вуз, и для оценки диплома через WES, какую мне опцию нужно выбрать ( 1) WES Standard Application (

Вы уточните в вузе, какую им оценку нужно и через какую компанию. А так вообще для учебы и эмиграции - разные типы эвалюации, для учебы первый из указанных Вами типов, для эмиграции второй.

Прецеденты были, сперва имеет смысл сделать IRCC (т е для иммиграции), это эвалюация doc by doc, а потом можно сделать апгрейд до course by course, что является подтверждением для образования. Апгрейд оплачивается отдельно, но после него ваш документ от WES подойдет и для образования и для иммиграции.