Я 3 поколение и я не религиозен, русский по национальности, моя родная сестра тоже русская по национальности приняла ислам во взрослом возрасте, я планирую репатриироваться и хотел бы узнать могут ли у меня быть проблемы из-за этого?

Консула и МВД интересует только ваше отношение к религии (ну и религиозность тех, кто репатриируется непосредственно вместе с вами). Про родственников, которые просто родственники, они не спрашивают.

Очень сомневаюсь что на кп будут расспрашивать, какой религии ваш брат, тетя и прочие родственники. Просто не зацикливайтесь и не говорите. Если спросят в лоб - ответите что сестра приняла ислам, причины не знаю, это какое-то ее личное решение, я нерелигиозен.