Подскажите, пожалуйста, при прохождении границы на автобусе Люкс из Таллина в Санкт-Петербург, когда собирают на эстонской границе паспорта, давать только загранпаспорт РФ или вложить ВНЖ европейское тоже?

Вместе с внж.

Когда я ехала, посмотрел на ВНЖ(у меня),а забрал только паспорт РФ, сказал пассажирам -далеко не убирайте, что будет не понятно я вернусь. Два раза возвращался в автобус, у других пассажиров что то уточнял.

Обычно нужно и то, и то. Пограничник должен проверить ваше основание нахождения в ЕС. Как он это сделает без внж?