Поеду в Москву , но я из другого города, получится только ближе к 11 в посольство приехать, это уже поздно , меня примут по визе Японии? Там вообще большие очереди ?

Там в часы подачи на визу главное попасть, после 12, вроде, только выдача виз.

Там вся очередь приходит к открытию и через час уже исчезает практически, так что к 11 там скорее всего пусто будет.