Я правильно понимаю, что перед отъездом в РФ мне необходимо сменить адрес в личном кабинете finanças? Тогда не очень понятно какой теперь налог на поступление денежных средств на счёт местного банка надо платить? ИП же закрыто.

Не сменить адрес, а, возможно, назначить представителя. Или двух. Но тут очень много вопросов сразу возникает - когда получена tax residence, когда открыт ИП, когда закрыт, какие налоги были уплачены, платился ли ли IVA. Какие ещё поступления планируются на португальский счёт и когда. Тут кажется действительно без бухгалтера трудно разобраться, как ни грустно.