Есть виза типа D воссоединение семьи на 3 месяца, если въехать за пару недель до ее окончания, не будет ли проблем с ВНЖ?

Мне сказали при выдаче, чтобы я в течение 2 недель зарегистрировалась на месте.

Не должно быть. Я въезжал недели за 3 до окончания, все было ок.

Не должно, сразу регистрируйтесь как приедете, на время рассмотрения проживать можно, но выезжать за пределы страны на этот период лучше не планировать.

На обновление истекающего пермита надо подавать не позднее 2 недель до конца, может для первого въезда тоже что-то такое есть.