Есть ли в консульстве РФ в Малайзии возможность получить второй паспорт загран нового образца, есть ли такие и сколько по времени получать?

Все это можно. Инструкция на сайте консульства. Сначала вам только надо Слот подачи поймать, потом 2-3 месяца его подождать, потом сам паспорт месяцев 4-6 дождаться. 5ти летний делают быстро, недели за 2, если бланки у них есть.