могу ли я въехать в Эстонию, к родителю по Шенгенской визе выданной не Эстонией ?

Добрый вечер, если родитель зарегистрирован в базе народонаселения( или как то так называется) и есть документы подтверждающие родство, то вопросов возникнуть не должно.

Можете, с собой свидетельство о рождении.