Можно ли продлить ВНЖ, если за время текущего была осуществлена смена заграничного паспорта, а в заявке на продление в Геч принимается только номер прежнего документа?

Можно. Если в заявке указывали данные старого паспорта, на рандеву принести копию старого паспорта и копию нового паспорта. Либо в анкете если еще не заполняли на рандеву указывайте данные нового паспорта.