Посоветуйте хорошие отели в Токио, Окинава и Киото ?

В Киото неплохой отель TOKYU stay.

Kyotology в Киото - супер отель! Не дорого, новый, современный, с хорошим расположением и достаточно просторными номерами.

Смотря на какие даты, так как если ханами + выходные, пардон, берите что дают, так как больше 90% забронировано уже. А так кроме отзывов смотрите ещё площадь комнаты)