Подскажите можно ли сделать визу в Японию находясь на бали (китоса нет)?

Нет, без китаса — нельзя. В любой стране только с ВНЖ временным или постоянным, неважно. Если есть второй загран — можно отправить в РФ и там сделать через агентство или доверенное лицо. Если второго нет — первый отправлять бесполезно, доверитель должен быть на территории РФ для подачи, они по штампам в паспортах проверяют теперь весьма активно.