действительно ли при купленном билете на чартер гоа-москва могут не выпустить, если прилетела в индию москва-дели-гоа регуляркой? И на каком этапе они не пропускают?

Не пустят если наоборот. Прилетел чартером, а улететь пытаешь регулярным рейсом из Гоа. Улететь из другого штата можно любым вариантом. Если прилетел в Гоа чартером то и улетать нужно чартером.